电子账册采用滚动核销的方式进行核销；核销的同时可正常进出口通关，电子账册核销不是清零式的核销，允许企业料件有余量，核销后剩余料件可自动转入 下期继续使用出口。核销周期一般不超过180天，从电子账册备案之日或上次核销次日起计算；进出口规模较大的企业应结合盘库时间，适当缩减核销周期，以便 于同主管海关一起做好核销工作。核销分两个步骤：预报核和正式报核。预报核经海关审核通过后，才能正式报核。

1、预报核
(1)预报核要求企业申报本次核销期内进出口涉及的所有报关单信息。需填报报核表头和报关单的相关信息。报关单号填写18位编号：“申报地海关编号+年份 +进出口标志(1为进口，0为出口)+9位报关单预录入号”。
注意：报关单范围必须准确填报。
(2)企业向海关预报核，须提供以下数据资料：
将电子账册本核销周期内的全部进出口报关单按贸易方式以时间先后顺序装订成册，并制作进出口报关单目录，送海关核销部门；
企业将本核销周期内的全部报关单等预报核数据通过网络向海关发送，并通知海关核销部门。
(3)收到两条“入库成功”回执后，与海关联系。

2、正式报核
(1)正式报核要求企业在预报核经海关审核后，根据确定的报关单范围核算保税料件的使用情况，申报电子账册上每一项科件的应有数量、实际剩余数量和消耗数量。
(2)企业向海关正式报核，须提供以下数据资料：
企业以预报核环节海关核准的报关单为基础，按归并后的料件向海关申报从企业计算机管理系统提取的本期应存、实存及耗用数量；必要时，可要求企业申报核算料件数据，即企业在各种贸易方式下的进出数量。
如需结合企业盘点数据审核正式报核的，企业应将确认后的盘点数据报送海关核销部门。
(3)预报核海关审核通过后，通过数据查询功能查询出预报核通过的数据，将报核类型改为“正式报核”，填报“报核料件”的相关内容，报核成品、核算成品不需填报，核算料件一般也不需填报，只在主管海关要求时填报。
(4)正式报核“报核料件”填报方法：
在本核销期内发生进口或出口耗用的料件均需报送料件使用情况，“应剩余数量”、“消耗总数量”、“实际剩余数量”必须填报，“边角科数量”根据实际情况填报，没有可填“0”。
应剩余数量：企业根据预报核确定的报关单和电子账册备案的单损耗关系核算该项科件的剩余数量，即：应剩余数量=上期结余数量+本期实际进口数量 - 本期消耗总数量。
单耗包括净耗和工艺损耗；单耗=净耗／1 - 损耗率，消耗总数量：该项料件加工已出口和已内销的实际消耗数量(已报关，且进口已放行、出口已结关)，即：消耗总数量=出口耗用数量+内销数量。
实际剩余数量：报核截止日期当天实际库存盘点所得的数量(包括半成品、成品折回料件的数量)，即：实际剩余数量=库存料件数量+库存半成品成品折料数量。
(5)收到两条”入库成功”回执后．与海关联系。

3、当企业不再从事加工贸易业务时，企业在办结电子账册的核销，内销补税等业务，电子账册备案料件余料清零后，可向主管海关申请注销电子账册。

其他注意事项：
1. 成品版本号：报关模式分为代理报关和自理报关两种，代理部分的出口报关单需做好成品版本号的记录。
2. 联网企业用于加工贸易的不作价设备仍采用加工贸易设备手册(D手册)管理。
3. 联网企业海关管理类别调整为B类或C类后，可以在缴纳保证金(或保函)后，继续运行联网监管。
4. 电子账册备案前，应先备案归并关系；电子账册变更前应先变更归并关系，始终保持归并关系中归并后数据与电子账册备案数据一致；拷贝归并后数据到电子账册功能才能正常使用。
5. 海关通过“企业内部编号”+“经营单位代码”确定单证的唯一性。需要企业内部编号的单证有：经营范围、归并关系、电子账册、电子账册分册、报关清单、中期 核查数据和数据报核，其中归并关系、电子账册。中期核查数据和数据报核的”企业内部编号”一致，其他内部编号都不能重复使用。